Заметьте, что в категориях поста Вы выражаете не атеистеческую, а религиозно-скептическую позицию: т.е. мы обсуждаем критику Хумаша, а не позитивное утверждение отрицания.

фраза "мы не знаем, но мы пытаемся узнать"
Отнюдь. В достаточно близкой форме см. Ех 33:13: "Now therefore, I pray Thee, if I have found grace in Thy sight, show me now Thy ways, that I may know Thee", Ех 33:18: "And he said: 'Show me, I pray Thee, Thy glory.'"

Об Аврааме-скептике и критериях познания я писал тут, но это менее очевидн. У Хазаль также много аналогичных примеров.

Вы можете отметить, что их фокус был на теологическом познании, а не физическом. Но правильное эпистемологическое отношение явно присутствует.

Религия, которая примет как открытия современной науки, так и ее методы, перестанет быть религией в общепринятом смысле слова.
Скорее, вернется к тому, чем должна была быть и была. Если хотите, избавится от языческих наслоений. Моя тут позиция: нет противоречия, между наукой и иудаизмом, но есть среди различных религиозных интерпретации; в этом смысле деконфликтация с прогрессирующими научными представлениями является методом религиозного познания.